بعد مرور 3000 عام تعود روح الفرعون للعيش مجدداً لكن في جسد يوجي موتو، وبعد خوضه للكثير من المعارك والمبارزات يجمع أهم العوامل لاستعادة ذاكرته، والجميع ينادونه بيوجي وهو الاسم الذي يتقاسمه مع يوجي الصغير وذلك لأنه قد نسي كل شي عن ماضيه حتى اسمه. على الفرعون المجهول أن يعيد ذاكرته المأساوية من جديد. اسمه الحقيقيّ يُنْقَش كحروف الكلمات الهيروغليفيّة, أ-تي-إ-إم-يو الفرعون.
The Priest Seto
يمثل الحياه السابقة لسيتو كايبا، مالك عصا الألفية وهذا العصا تمكنه من حجز الـ (كا) Ka ملاحظة (في هذا الجزء يعبر عن وحش المبارزة باسم كا) أي أرواح الناس داخل ألواح حجرية. والد سيتو وهو أكنادين Akunadin هو شقيق الفرعون السابق أكنمكانون Akunumknaon لذلك فإن سيتو هو ابن عم الفرعون أتيم.
سيتو لم يكن يدرك بأن أكنادين Akunadin هو والده. سيتو يبدو دائماً واثقاً من نفسه ومتكبر وهو يؤمن بأن القوة تستطيع هزم كل شيء. مع ذلك كان سيتو مخلصاً للمملكة ووفياً بالخصوص للفرعون أتيم.
وقد كان سيتو يحلم بامتلاك (كا) تعادل قوته قوة وحوش الإله المصري وقد وعثر على طاقة كبيرة مختزنه داخل عقل كيسارا وهي طاقة التنين الأبيض أزرق العينين. ولكي يحصل سيتو على هذا التنين عليه أن يقتل كيسارا لكن سيتو يرفض القيام بذلك العمل ولكن كيسارا في النهاية تقتل على يد أكنادين والد سيتو.
The Priest Akunadin
هو الأخ الأصغر للفرعون السابق ووالد سيتوأيضاً. و أكنادين هو من قام بترجمة كتاب السحر وبترجمته،وبذلك الكتاب استطاع أن يعرف كيفية صناعه أدوات الألفية والطاقة الكبيرة التي تخبئها أدوات الألفية. لكنه لم يدرك أنه بصناعة تلك الأدوات سيوقظ روح الشرير زورك!!
وهو حامل عين الألفية وقد كان يحلم دائماً بأن يصبح سيتو الفرعون. لم يخبر أكنادين سيتو أنه كان أباه لأنّ سيتو الصّغير نظر إليه عادة مثل وحش و بدا مفزوعاً منه.
The Dark Priest Akunadin
بعد أن سيطرت قوى الشر والظلام على أكنادين تحول إلى قسيس مظلم وعدو للفرعون. وبالرغم من ذلك لم ينسى رغبته في أن يصبح سيتو الفرعون. لذلك قام بالسيطرة على عقل سيتو ليجبره على مبارزة الفرعون أتيم (يوجي)!!
The Priest Shada
يمثل الحياة السابقة لشادي وحمل مفتاح الألفية. يطلب منه سيتو باستخدام طاقة مفتاحه بأن يبحث في عقول الناس عن وحوش قويه.
The Priest Karim
حامل ميزان الألفية وقد ورثها عن أبيه والتي معا شادي في الوقت الحالي
The Priest Mahado
حامل حلقة الألفية ويمثل الحياة السابقة لفارس الظلام Dark Magician بطاقة يوجي المفضلة، بعد أن سرق اللص باكورا على قبر الفرعون يقرر ماهادو مواجهته لأن حماية القبر كانت مسؤليته، لكنه لم يستطع هزيمة اللص باكورا لذلك يضحي بنفسه وتحتجز روحه داخل الكا (الوحش) الخاص به ويتحول إلى فارس الظلام، ليبقى الخادم المخلص للفرعون أتيم.
The Priest Isis
حاملة قلادة الألفية وتمثل الحياة السابقة لإيشيز عشتار Isis Ishtar تكمن مهمتها في توقع ما سيحصل للمملكة في المستقبل لكنها تفشل في معرفة ما سيحصل لمن له طاقة مماثلة لها أو من يحمل إحدى أدوات الألفية.
The Thief Bakura
يمثل الحياة السابقة لريو باكورا، عندما كان فتى صغيراً شهد ما حصل لقريته كريلنا Kuruelna Village عندما غزاها أكنادين وقام بقتل جميع سكانها من أجل صنع أدوات الألفية، ويعتبر الناجي الوحيد من تلك المأساة ولذلك نشأ وهو حاقد على الفرعون وحكام الستة والمملكة، وبعدها أصبح لصاً يسرق الثروات المخبأة في قبر الفرعون وهدفه هو جمع أدوات الألفية ليحصل على طاقتها العظيمة.
Mana
فتاة صغيرة كانت تتعلم السحر على يد معلمها ماهادو، وتمثل الحياة السابقة للفتاة الساحرة Dark Magician Girl . بعد وفاة معلمها ماهادو تعهدت بأن تصبح أعظم ساحرة.
Shimon Muran
اليد اليمنى للفرعون وقد كان سابقاً حاملاً لمفتاح الألفية وكان يخدم العائلة المالكة منذ عهد الفرعون أكنمكانون. جميع الفخاخ التي في قبر الفرعون أكنمكانون صممت من قبله. ويمثل الحياة السابقة لسولمون موتو جد يوغي.
Pharaoh Akunumknaon
¥