وظلت العملية التعليمية بالأزهر فى ازدهار , وعالج الأزهر علوم الدنيا واهتم بشئون اللغة العربية وازدهرت فيه العلوم والفنون , ولم يقتصر على النشاط الدينى , بل ينوع ليشمل العلم والأدب والفن فى مصر والشام وكذلك الفلسفة والرياضة واللغة كما كان الأزهر جامعا رسميا للدولة الفاطمية ومركزا لكثير من المناسبات والإحتفالات الدينية حتى جاءت نهاية الدولة الفاطمية 567 هـ , وعندها بدأت الدولة الأيوبية فى القضاء على الفكر الشيعى , أقامت المدارس المنافسة للأزهر وتقلص دور الأزهر التعليمى طوال ثلاثة قرون , وإن كانت سلطة الأزهر كمسجد مظلت باهتة.
وجاء عصر المماليك , فكان بمثابة عودة الروح للأزهر , وتعاظمت مسئوليته التعليمية والثقافية خصوصا بعد زحف المغول على بغداد وتدميرهم لمكتبة بغداد وكذلك بعد تقلص نفوذ الحكم الإسلامى فى الأندلس واستعاد الأزهر مكانته العلمية ولكن فى السنة بعيدا عن المذهب الشيعى , واهتم سلاطين المماليك بعمليات تجديد الأزهر.
وانتشرت أروقة الأزهر مثل رواق العباسين - العثمانيين - الشراقوة - الصعايدة (والرواق: هو المسافة الواقعة بين صفى أعمدة وكانت تدرس فى الأزهر مواد وكتبا عن علوم القرآن والحديث والكلام والفقة والأصول وعلوم اللغة كالنحو والصرف والبلاغة والأدب والتاريخ واختفى فقه الشيعة ..
وفى القرن السادس الهجرى درست العلوم الطبيعية الى جانب العلوم الدينية والعربية , فعبد اللطيف البغدادى (أول شيخ للأزهر) قام بتدريس الطب والفلسفة والمنطق.
وكان بعض الشيوخ يدرسون العثمانى على العلوم الطبيعية التى كانت تدرس بالأزهر إلا أن الأزهر استمر فى دراسة العلوم الدينية حتى أن العثمانيين قاموا بإرسال ذخائر الكتب والعلماء والزعماء وقادة الفكر وشيوخ الحرفيين إلى تركيا , ولذلك فقد انطوى الأزهر على نفسه فى ذلك العهد , واستطاع الأزهر فى فترة حكم العثمانيين الحفاظ على اللغة العربية كلغة لكل المصريين واستطاع كذلك الحفاظ على الثقافة العربية الاسلامية فى مصر على مدى قرون ثلاثة.
وبعد أن دخل نابليون مصر عام 1798 م , استدعى علماء الأزهر وعلى رأسهم الشيخ الشرقاوى وقرر تأليف ديوان من علماء الأزهر يشرف على الحكم ويدير شئون مصر وأغلق الشيخ الشرقاوى الأزهر فى يونيو 1800 م احتجاجا على دخول الانجليز للأزهر , وأعاد افتتاحه فى أكتوبر عام 1801 بعد خروج الفرنسيين من مصر.
وفى اوائل عهد محمد على كانت العلوم الدينية والعربية تدرس فى الأزهر وبعد عودة المبعوثين , الذين أرسلهم محمد على إلى أوروبا لتلقى العلم , بدأ بعضهم يعمل بدراسة العلوم الطبيعية والفكرية وظل الاسهام العلمى للأزهر يتزايد فى مصر حتى إنه فى عام 1864 م صدر أول تقرير رسمى لمشيخة الأزهر تناول العلوم التى تدرس بالأزهر على النحو التالى: الفقه - الأصول - التفسير - الحديث - التوحيد - النحو - الصرف - المعانى - البيان - البديع - متن اللغة - العروض - القافية - الحكمة - الفلسفة - التوصف - المنطق - الحساب - الجبر - الفلك - الهيئة علوم الهندسة - التاريخ - الموسيقى- رسم المصحف ..
ثم صدر العديد من القوانين والقرارات لتنظيم الأزهر الشريف ولتنظيم الدراسة به , وأكدت معظم هذه القرارات أن لايتصدى أحد لمهنة التدريس فى الجامع الأزهر إلا من انتهى من دراسة أمهات الكتب فى أحد عشر فنا ويجتاز إمتحانا فيها على يد لجنة مكونة من ستة أعضاء يرأسهم شيخ الأزهر.
وظل نظام الأزهر يتطور , وتتألف لجان لاصلاح الأزهر وإدخال بعض المواد والمناهج الرياضية من هندسة عملية وحساب ومبادىء علوم وتدبير صحة ورسم , وجغرافيا وتاريخ ومنطق، وغير ذلك وتطورات الشهادات التى يمنحها الأزهر بنفسه , ففى البداية لم تكن هناك أية شهادات ثم جاء الشيخ محمد مهدى العباسى عام 1287هـ ومنح شهادات درجة أولى وثانية وثالثة للذين يتم امتحانهم بالأزهر , ثم بدأ عام 1896 م منح شهادة العالمية والشهادة الاهلية بدرجات ثلاث مثل التقديرات الآن ثم استقرت شهادة الأزهر على إسم العالمية للأزهر وكذلك الثانوية بعد ذلك , كما فتح الأزهر شهادات تخصصية مثل العالمية فى الدعوة والإرشاد وكانت هناك شهادات للغرباء منها الشهادة الأهلية للغرباء أو الشهادة العالمية للغرباء وأخذ نظام الأزهر يتطور .. وبدأت
¥