ولمَّا أصدر الأزهر قراراً يقضي بالسَّماح لخريجي الكلِّيات الأزهريَّة الذين أمضوا في التَّدريس الجامعي أكثر من خمس سنوات أن يتقدَّموا بتسجيل رسالة الدكتوراه مباشرة؛ أسرع الشَّيخ مصطفى وسجَّل موضوع (أثر الاختلاف في القواعد الأصولية في اختلاف الفقهاء) بإشراف الأستاذ الدكتور مصطفى عبد الخالق، ونال شَّهادة الدكتوراه عام (1391هـ-1971م) مع مرتبة الشَّرف الأولى.
ولا شك أنه ـ رحمه الله تعالى ـ كان فوق هذه الشهادة علماً ومكانة، ولكنها أعانته على التدريس في عدد من الجامعات.
التعيين في جامعة دمشق:
عُيِّن بعدها مدرِّساً ورئيساً لقسم العقائد والأديان في كلِّية الشَّريعة، بالإضافة إلى تعيينه مدرِّساً في كلِّية التَّربية بجامعة دمشق، (التربية الإسلامية وطرق تدريسها) وبقي في الجامعة حتى سنة (1404هـ=1983م)، وأسهم إذ ذاك في تأليف الكتاب الجامعي؛ فأصدر ثلاثة كتب مهمَّة، لا تزال تُدرَّس في كلِّية الشَّريعة إلى اليوم، وهي: الَّتفسير العام، وفقه المعاملات، ومبادئ العقيدة الإسلامية.
التعاقد مع السعودية:
وبعد إحالته إلى التَّقاعد عام (1404ـ1983)؛ سافر الشَّيخ إلى المملكة العربية السعودية للمرَّة الثانية عام (1405ـ1984)، فعمل مدرِّساً في كلِّية الشَّريعة بجامعة الإمام محمَّد بن سعود الإسلاميَّة بأبها، ثمَّ عُيِّن أستاذاً في كلِّية التَّربية للبنات، وعضواً في المجلس العلمي لجامعة الإمام بالرياض، وبقي حتى عام (1413هـ=1992م)، وأشرف في هذه المدَّة على عدد من رسائل الماجستير والدكتوراه.
قال العلامة الشيخ عبد الرحمن حبنكة في كتابه: «الوالد الداعية المربي الشيخ حسن حبنكة» ص123:والدكتور الشيخ مصطفى سعيد الخن معروف في أوساط الجامعيين بألمعيَّتِهِ، وبراعته في شرح المسائل العلمية، وحل المشكلات المعضلات، ومعروف بذوقه الأدبي الرفيع ورهافة حسه في النقد، ورغبته في العطاء العلمي.
لكنه عزوف ـ فيما أعلم ـ عن المشاركة في الأعمال الاجتماعية العامة، فنموذجه الفطري أستاذ معلم، وباحث متتبع، وله جاذبيته وتأثيره في تكوين حلقات طلاب علم، لا في استقطاب جماهير، وهو علم من أعلام العلم في دمشق نفَّاع معطاء» اهـ ..
العودة إلى دمشق:
وعاد الحنين بالشَّيخ إلى دمشق مُجدَّداً؛ ليصبح بيتُه مقْصدَ طلَّاب العلم والمحبِّين.
تدريسه في قسم الدراسات العليا في مجمع أبي النور وقسم التخصص في معهد الفتح:
ومنذ بداية العام الدِّراسي (1414هـ، 1993م)؛ وافق الشَّيخ على التَّدريس في قسم الدِّراسات العليا، التَّابع لجامعة أم درمان، ومركزه مجمَّع أبي النُّور التَّعليمي في دمشق، وعلى رئاسة كلِّية الشَّريعة بقسم التَّخصُّص، التَّابع لمعهد الفتح الإسلامي، وتدريس مادَّة أصول الفقه لطلَّاب السَّنوات الثلاث في الكلِّية. وقد أشرف الشيخ وناقش عدداً وفيراً من الرسائل الجامعية في الدراسات العليا، في دمشق ولبنان.
غرفته الخاصة في جامع الدقاق:
وجديرٌ بالذِّكر أنَّ للشَّيخ مصطفى غرفةً خاصةً في جامع الدَّقَّاق (في الميدان الفوقاني)، شهدت تاريخاً حافلاً بنشاطٍ علميٍّ غزير، وتحتوي الغرفة على مكتبةٍ زاخرةٍ بأمَّهات الكتب. وممن سجَّل حضوراً بين جنباتها الأستاذ أحمد راتب النفاخ، الأستاذ أحمد عرابي الخن، الشيخ خير العلبي، الأستاذ سعيد الطنطاوي، الأستاذ سهيل البري، الأستاذ علي الشربجي، الأستاذ صالح الأخرس، الشيخ عبد العزيز الرفاعي، الدكتور محمد سعيد رمضان البوطي، الأستاذ محمود المارديني، والدكتور موفق دعبول.
تعريف بمؤلَّفاته:
بدأ الشَّيخ مصطفى الخن الكتابة في وقتٍ مبكِّرٍ من مسيرته العلمية، فكان تحصيله العلمي تأليفاً، وتأليفه تحصيلاً علمياً.
وكان يكتب لنفسه أولاً، ومما كتبه: «شرح الشواهد النحوية المختصر»، و «شرح الشواهد النحوية الكبير» وهذان الكتابان من جملة ما ضاع من أوراق الشيخ رحمه الله تعالى.
ثمَّ ساهم في تأليف الكتب المدرسية، وأعدَّ الأمالي الجامعية، واتَّجه إلى التَّأليف العام والتَّحقيق، وكان صدره يتَّسع للمشاركة مع غيره من الأقلام، تأليفاً وتحقيقاً.
المؤلَّفات الخاصَّة:
¥