1ـ نفى نقيب الأشراف عمر مكرم إلى دمياط سنة 1224هـ، و الذي كان له الفضل عليه في تنصيبه والياً على البلاد المصرية.
2ـ وعزل الشيخ عبد الله الشرقاوي شارح البخاري.
3ـ بينما ولَّى بعض العلماء ممن وجد فيهم ضالته من العلماء العملاء للسلطة حتى أنه قد أدخل بعض العلماء في المحافل الماسونية مثل الشيخ حسن العطار وغيره.
4ـ وبعد أن خضد شوكة العلماء أصحاب الثقل الشعبي اتجه للمماليك أعدائه السابقين فعمل لهم المكيدة المشهورة، حين قام بمجزرة عظيمة أباد فيها المماليك، في قصة "مذبحة القلعة" الشهيرة سنة 1226 هـ.
انجازاته:
درج بعض المؤرخين المعاصرين و بعض الشعوب الطيبة التي تصدق كل ما تسمعه وتقرأه على تمجيد الإصلاحات الكبيرة التي قام بها محمد علي داخل مصر حتى خلعوا عليه ألقاباً طنانة مثل باني مصر الحديثة وصاحب الإنجازات الحضارية، القائد المستنير إلى غير ذلك من الأوصاف التي خدعت الكثير.
صحيح أن محمد علي أدخل زراعات وصناعات حديثة بمصر وأنشأ الأسطول ودعّم الجيش وأدخل النظم الحديثة في القتال، واهتم بالتعليم وأنشأ المدارس ونظم المواصلات ونشط التجارة ونظم الإدارة وبنى القناطر والسدود إلى غير ذلك من رفع لمستوى الدولة، ولكن هل قام محمد علي بذلك كله خدمة للإسلام والبلاد وطاعة لسلطانه؟ أو تقديرًا لمنصبه وولايته؟ بالطبع كلا ..
ذلك لأن محمد علي كان يعتبر نفسه الدولة، فالأرض أرضه والفلاحون زراع عنده يزرعون الأرض له، و كذلك هو التاجر الذي تؤول إليه أموال التجارة كلها، وهو مالك الصناعة الذي تؤول إليه أرباح الصناعات كلها.
بل كان الجيش الحديث بكل أسلحته لخدمته أغراضه التوسعية ونفسه وأولاده من بعده. و بالجملة فكل الإصلاحات التي أدخلها محمد علي على مصر كانت لسببين:
أولهما: خدمته الشخصية ومنفعته الخاصة وتثبيته لوضعه ولأبناءه من بعده.
ثانيهما: تأثره بالغرب وانبهاره بحضارة أوروبا التي أمعن في تقليدها ليلحق بركابها ويلقى مساعدتها ومودتها.
سياسات محمد علي الداخلية:
بعد أن نجح محمد علي في توطيد نفسه في الحكم أحاط نفسه ببطانة ومساعدين من نصارى الأروام والأرمن وكتبة من الأقباط واليهود، واستجلب لنفسه مماليك جعلهم حكاماً للأقاليم، وكان في كل ذلك مستنفراً لجموع المسلمين المصريين ومعبراً عن عدم الاهتمام أو الاكتراث بهم وبخاصة أن هؤلاء المساعدين قد أعانوه على سياسته الاستبدادية بين الفلاحين وصف الجبرتي ذلك بقوله: (فتح بابه للنصارى من الأروام والأرمن فترأسوا بذلك وعلت أسافلهم، كما أنه كان يحب السيطرة والتسلط ولا يأنس لمن يعارضه).
وسلك محمد علي واتباعه من غير المسلمين سياسة من أبرز علاماتها الظلم والقهر والاستعباد ضد جموع الشعب المصري، فجمع حجج الأرض من الفلاحين وفرض عليهم السخرة، أو دفع ضريبة بديلة وحرم عليهم أن يأكلوا شيئاً من كد أيديهم، وأبطل التجارة، وزاد في اسعار المعايش أضعافاً مضاعفة، وفرض الضرائب التي لايطيقون دفعها، وجعل كل نشاط اقتصادي يؤول إليه، ونقم على الناس، وارجع الجبرتي ذلك الى مايتسم به محمد علي من "داء الحسد والشره والطمع والتطلع لما في أيدي الناس وأرزاقهم". وقد نتج عن هذه السياسة كره الفلاحين الشديد لمحمد علي وأعوانه، وهروبهم من الأراضي الزراعية، وترك قراهم فراراً من السياسة الظالمة، وأعرضوا عن الاشتراك في جيشه فقد بلغ عدد الفلاحين الفارين في عام واحد هو عام 1831م ستة آلاف فلاح.
أما في المدن وبخاصة في القاهرة فيذكر الجبرتي أن محمد علي حين كلف الناس بتعميرها (اجتمع على الناس عشرة أشياء من الرذائل وهي السخرة والعونة وأجرة الفعلة والذل والمهانة وتقطيع الثياب ودفع الدراهم وشماتة الاعداء وتعطيل معاشهم وأجرة الحمَّام).
¥